La S.D. Deusto fue fundada en el año 1913, a consecuencia de la disolucion del Club Union Fortuna-Deusto F.B.C. que existia desde unos años antes. Y su primer presidente fue Don Candido Palomo. El uniforme era camisa roja y pantalon blanco, los colores de la bandera Deustoarra.

En la temporada 1918-19 jugo el campeonato regional y a partir de 1920-21 debuta en la serie A derrotando al Erandio por 5-1. Esa temporada los tomateros quedaron en tercera posicion empatados a puntos con el Arenas, tras el Athletic, y dejando atras a equipos como el Racing de Santander.

Ante la calidad de sus rivales, el Deusto, que poco a poco habia visto como sus mejores jugadores se iban a otros equipos, se tambaleaba en la serie A teniendo que disputar la promocion tres años consecutivos contra el Acero de Olaveaga. Las dos primeras las gano cayendo en la tercera a la serie B.

En 1931-32 le toco descender de nuevo y entonces vino el desanimo y la disolucion del club.

Habia pasado la epoca mas gloriosa del Deusto; en el sentido de codearse con los grandes como Athletic, Arenas o Racing de Santander.

La primera temporada que se jugo en Vizcaya despues de la guerra fue la de 1939-40. En Deusto habia despertado la aficion al futbol y con Manuel Vallés como entrenador se consiguió resucitar al Club y así se proclamó campeón de Primera Categoria. Siguió su cadena de triunfos en el campeonato de aficionados, hasta llegar a la final contra el Arenas. Se jugo en San Mamés ganando en la prórroga el Deusto con gol de Mentxaka. El equipo,con un plantel joven, hizo las delicias del pueblo esos años. Jugaron entre otros Martin, Ruiz, Mentxaka, Cirilo, Nico Viar, Pinedo, Elejalde, Toralpy, Gurpegi, etc...         

La temporada 1947-48 fue la ultima en la que el Deusto brilló con fuerza en el futbol vizcaino. Quedo campeon de primera categoria. Sin solucion de continuidad, fue de mal en peor hasta caer en la segunda regional.

Las obras del canal de Deusto, iniciadas en 1950, se tragaron la mayorìa de los campos, y asi los tomateros se vieron obligados a jugar en San Ignacio.

El Deusto seguìa inmerso en Segunda Regional. La gente apenas iba aSan Ignacio a ver jugar a su equipo. Fue entonces, siendo Presidente Josè Luis Elejalde, cuando se llegò a un entendimiento con la Universidad de Deusto. De ahì surgiò el Deusto-Universidad. Se creò un filial, se hicieron mejores campos, incluso sembrando hierba y se iniciò una nueva andadura. Esta uniòn se viò con agrado en Deusto. No en balde, la UNI fue siempre escenario muy apetecido de los Deustoarras para ver aquellos partidos ante grandes equipos vizcainos o de la liga española. De muy grato recuerdo es aquel disputado contra el Atletico de Madrid, en 1950, cuando en el Deusto jugaba gente de la categorìa de Urkiola, Jose Luis Perez Payà, Marcet, Azcarate, etc... 

Durante varios años el Deusto se nutriò de jugadores del pueblo y de estudiantes de la universidad. Asì en la temporada 1955-56 se logrò incrustar en la recien estructurada Tercera Divisiòn Nacional.

Aunque las relaciones  con la Universidad siempre fueron cordiales, de un modo sutil se fueron difuminando; y asì se volviò a caer en Categorìa Regional.

Fuè en la temporada 1978-79, de la mano de Jaime Ortruzar, cuando se logrò el ascenso a Tercera Divisiòn. Formaban la plantilla Santi, Carlos, Iglesias I, Lasuen, Carlos, Iglesias II, Arrona , Joseba, Cid, Juan Ramòn, Villaverde, Fernando, Cepi, Kirriki t Tontxu Bilbao.

Son esos años pletòricos para la vida del Club; pues a la gestiòn realizada por Fede Aulestia hay que añadir la de su sucesor Andoni de Aguirre, que consiguieron mantener al equipo mayor en tercera divisiòn y al juvenil en Divisiòn de Honor compitiendo con Athletic, Real, Zaragoza, etc...

En este recorrido cabe destacar a presidentes como Isidro Uribarri, Cipriano Urra, Sabino Elisburu, Agustin Muñoz, Jose Luis Elejalde, Fede Aulestia, Andoni de Aguirre, Manu Verde, Luis Angel Rodriguez, Bene Petralanda,Toño Mateo, Avelino, Andoni Bilbao e Inazio Ajuria, actual presidente.

Muchos han sido los que han escrito grandes pàginas en nuestra dilatada historia. Pidiendo perdòn de antemano para con otros muchos màs, citamos a los màs destacados como Carmelo Goyenechea, los Viar, los Bertol, los Mentxaka, Iñaki Izaola, Lander Iraragorri, Igartua,etc...

A todos ellos nuestro recuerdo y agradecimiento.